アンダースコア（下線）「 _ 」を含んだファイル名、ディレクトリ名をMovable Typeでつけると、自動的にハイフン「 – 」に変換されてしまいます。
アーカイブマッピングに原因があり、ファイル名などを例にするとデフォルトで設定されているアーカイブマッピングでは「%-f」となっているため、アンダースコアはハイフンに変換されて出力されるようです。
ハイフンに変換されて出力されたファイルやフォルダは、その後にアーカイブマッピングを変更してもアンダースコアにもどりません。
新しくアーカイブマッピングを作成しファイルを出力することで修正が可能です。
以下、覚え書きです。
r271-635さんのサイトで詳しく紹介されています。
Webページを例に手順をご説明すると、
１）新しいアーカイブマッピングを作成
２）新しいアーカイブマッピングを作成 を選択して、項目を追加する
３）追加されたアーカイブマッピングのパスを、任意の形式を選択する。
「 %-c/%-f 」と表示されるので、これを 「 %c/%f 」 に変更する。
4）追加されたアーカイブマッピングにチェックを入れ有効化し再構築します。
関連ページのご紹介
SixApart社 出力ファイル名関連ページ
r271-635：対処方法